La integración de los pueblos del Tawantinsuyu, se inició con el gobierno de Pachacuti Inca Yupanqui. En Machupicchu, surge la necesidad de constituir un centro de articulación entre el espacio Amazónico y Alto Andino, estableciéndose así el Centro Administrativo, Político y Religioso, con una ubicación estratégica y una planificación urbana, donde conjugan los espacios como la Plaza Ceremonial, recintos religiosos: Templo del Sol, Templo del Cóndor, observatorios astronómicos, residencia del Inka, talleres y qolcas; un sistema de andenes agrícolas. En la construcción de espacios principales predomina la arquitectura inka imperial, con una de red de caminos hacia todas las direcciones de su entorno, resaltando los caminos rituales de las montañas Machupicchu y Huaynapicchu.

Entre 1539-1912, se establece la encomienda de Piccho, asignado a Hernando Pizarro, después al Capitán Diego Arias Maldonado. En 1572, se trasladaron 52 indígenas de las parroquias del Cusco para la creación de la Ciudad de San Francisco de Victoria de Vilcabamba, a los que se les repartieron tierras de “Intiguatana, Guaynapicchu”. La información colonial señala a la actual “Ciudad Inka de Machupicchu” como “Asiento de los Incas” y “El Pueblo Antiguo del Inga Nombrado Guaynapicchu”. La habilitación de camino desde Piri hasta el Valle de Santa Ana, se realiza en 1872 por encargo del estado peruano que contrata al Ingeniero Hernán Gohering, quien realiza estudios y elabora el mapa topográfico y geológico de zona. A partir de 1872, Don Augusto R. Berns, por encargo de la Casa Forga, explota la madera para elaborar durmientes para el tendido de rieles de Arequipa a Cusco, posteriormente celebra la “Compañía de Huaca de Inca”. La Conservación de los objetos y sitios arqueológicos por parte del estado peruano, fueron prioritarias para la ciencia y la Historia Natural. En 1911, llega el Dr. Hiram Bingham, comisionado de la Universidad de Yale y de la Sociedad Geográfica Nacional de los Estado Unidos de Norte América; al año siguiente realiza las exploraciones y excavaciones, llegando a la conclusión, que Machupicchu era la última capital de los Inkas.

El Patronato Arqueológico del Cusco, en 1934-1974, emprende la conservación en la Ciudad Inka de Machupicchu, sosteniendo que tuvo un carácter mágico religioso. Posteriormente, se sostiene que Machupicchu fue construida por Pachacuti en el camino a las cabeceras de la selva con rumbo a Chinchaysuyu. El Instituto Nacional de Cultura -Cusco realiza trabajos de investigación arqueológica, sugiriéndose similitud entre el diseño inka de Cusco y Machupicchu. Desde 1983, Machupicchu es Patrimonio Cultural y Natural de la Humanidad. El Ministerio de Cultura, viene desarrollando investigaciones integrales e interdisciplinarias con cooperación internacional, deduciéndose que Machupicchu, es un Centro Administrativo Político y Religioso.

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